藏医学是中国传统医学的重要组成部分，在防治疫病领域积累了丰富的经验。藏区很早就有防治传染病的风俗。藏族人民对传染病早有正确认识，切断疫病传播途径、隔离患者成为一种自觉。吐蕃时期藏族先民就对疫病发生进行逐年记录，敦煌藏文文献《大事纪年》中就记载了各地发生疫病的情况，这对于研究疫病的发生规律，采取预防措施十分重要。
新中国成立以来，国家对流感等疫病防治工作的力度不断加大。在国家政策的引导下，藏医药在重大疫病如SARS、禽流感、甲型H1N1流感等重大传染病的防治中发挥了积极的作用。
2003年，北京藏医院编制了《藏医防治非典方案》，根据藏医经典研制成功“九味防瘟散”，通过了中国民族医药学会的专家鉴定，在防治“非典”工作中做出了重大贡献。2005年9月14日，北京藏医院等单位组织召开了防治人禽流感学术研讨会“中国原创医学应对新型强毒性流感学术研讨会”，编辑了《中国传统医学与疫病防治（研究资料汇编）》，并在医院领导小组带领下，迅速编制出了《藏医防治人禽流感预案（初稿）》。由黄福开院长主编的《中医疫病学》荣获2005年度中国中医药科技进步三等奖。这一系列工作在疫病的藏医药防治中发挥了积极的带头作用，为疫病的藏医药防治在学术上、技术上做了大量储备。
当前，甲流感在全世界蔓延。北京藏医院充分发挥藏医药在防治传染疾病方面的优势，编制“藏医药防控甲型流感预防与治疗方案”，及时挖掘藏医药中的芳香类药物，以新思路、新方法研究和开发有效的防治甲感藏药。基于此前藏医药在防治“非典”和人禽流感等疫病时的成功经验，在原藏药“九味防瘟散”的基础上，针对甲感的藏医病因学和病证特点，改良和完善九味防瘟散，开发新剂型，制出藏药“九味防瘟粉香囊”。北京藏医院在香熏法防治疫病方面的经验受到行业主管部门的肯定，2009年4月北京藏医院受北京市中医局委托，加工生产中药“防疫香囊”，与藏药“九味防瘟粉香囊”一起紧急投入生产并服务于首都一线医护人员，在甲型H1N1流感的早期防控工作中做出了积极的贡献。
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