藏医药学的发展，至少有2000多年的历史。据史料记载，公元前200多年，藏王聂赤赞布提出六个疑点，一位叫孜拉嘎玛跃德的人回答了其中之一，曰：有毒就有药，说明了毒可成药、以毒攻毒的医理。此时还出现了名医杰普赤西，他研制的“吐迥旺日”药丸，也是运用了以毒攻毒的理论；到了4世纪的拉妥妥日时期，采用了寒病热治、热病寒治的治疗医理。此时还出现了著名藏医师通格妥觉坚，他从父亲嘎启比奇处学习了印度医学，丰富了藏医理论和实践。从史料记载看，当时通格妥觉坚这样的医师，已经能够在莫龙衮巴扎的眼睛上开刀动手术；仲年德乌患了毒龙麻风病后，为了避免传染家人，独自居住在地下塘穴之中，说明那个时代的医师及其医疗技术及预防疾病的手段等已达到了较高的水平。
到了公元7世纪，藏医的医药理论和医疗实践相结合方面取得了较大的发展。此时藏王松赞干布基本统一了西藏高原，同唐朝联姻修好，迎娶文成公主入藏。当时有汉地的摩诃弟瓦和尚及西藏的大译师达磨郭卡把文成公主携带的《医法大论》译成藏文并予以厘定，这是藏文译成的第一部汉医医典，可惜此书早已散失，但其精华部分均收辑于西藏的医学名著《四部医典》之中。松赞干布为了藏医的继承和发展，挑选了一部分藏家子弟学习医典，为藏医的发展做出了巨大的贡献。
8世纪初，赞布赤德祖丹迎娶金城公主入藏。公主进藏时携带了众多医典。其中汉地大乘和尚与西藏泽师毗卢遮那共同翻译了《月王药诊》（亦泽《医法月王论》），它是现存最早的藏医学著作。在法王赤松德赞时期，出现了“四方名医”、“远方九太医”等名家，使藏医得到空前的发展。在诸多名医之中，玉妥宁玛·云丹贡布的名声最响，成就最大。他曾亲赴藏区各地，收集民间医药的验方，并加以研究，还赴尼泊尔、印度等国，研习医理，同时迎请中医及尼泊尔、印度医生入藏，吸收优秀的医学文化。在此基础上，玉妥宁玛·云丹贡布撰写了《四部医典》这部举世闻名的藏医典籍，标志着藏医独具特色体系的完成。到了13世纪初，玉妥宁玛之后裔玉妥玛·云丹贡布在研习藏医医典的同时，学习中医《月王药诊》及印度的医学八支理论，对《四部医典》进行补充厘定，使其更加完善、规范。
到了14世纪，出现了南北地区气候的不同而采取不同治疗方法的强巴派及苏卡派，推动了藏医药理论的发展。此时各地医生纷纷著书立说，涌现了许多优秀的医典及《四部医典》注疏。
17世纪,五世达赖喇嘛非常重视藏医事业的发展，曾创建了哲蚌寺索日卓翩林、日喀则索日常松堆白林、布达拉宫拉旺角、桑普尼玛塘等藏医学校。五世达赖喇嘛的第司桑结嘉措，为藏医事业做出了不可磨灭的贡献。
1689年他完成《四部医典释论·蓝琉璃》一书；1690年编著了《秘廖续补注》一书；1703年完成了《医学概论·仙人喜筵》一书，这些著作成为许多医生治疗的参考依据和研习医术的最佳典籍。第司桑结嘉措还根据《月王药诊》和自己所著《蓝琉璃》、《医学概论》以及强巴派医学理论、伦顶朗杰多吉所传《续义释论》等内容加以补充和整理，首创医学唐卡挂图79幅。第司桑结嘉措非常重视人才的培养，1696年他创建了药王山日齐卓翩林医学院，培养了一批医学人才，他们著书立说，传播医理，饮誉全藏，在当时的历史条件下，达到了藏医发展的较高水平。
十三世达赖喇嘛时期，藏医学也有一定的发展。此时出现了许多著名的藏学家，诸如噶玛吉美吉森格、喇嘛吉美赤列、太医乌坚丹增嘉措、多吉坚赞、扎康基巧堪布强巴土旺、恰布巴当曲班丹、钦饶罗布大师等。他们编著医书，传授医理，推动了藏医事业的继承和发展。在这些医学家之中，钦饶罗布大师功勋最为显著。他曾广拜名师，研习显密经典、天文历算，熟谙《四部医典》为主之医典，撰写了《根本续植株·医学海藏》、《药草标本集要·奇妙金穗》、《接生法·利众月宝之鉴》、《后续总义·打开经典之匙》、《后续切脉查尿补注》、《放血疗法总义·童子语饰》等十几本著作。
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