1951年西藏和平解放以后，藏医药事业步入了一个崭新的时代，取得了巨大的成就。
1959年5月，西藏人民政府把原来的药王山医学院和藏医院合并。1961年9月恢复拉萨藏医院的名称，委任钦饶罗布大师为院长、其高徒强巴赤列为副院长。将原有的综合门诊扩充为内科、外科、妇儿科、针灸科、配药室等，把原来以培养医学人才为主的藏医院，逐渐发展为以医疗、培养人才兼举并重，完成了培养学员、门诊医疗、农牧区巡诊、采药制药等任务。1965年建成藏医门诊大楼及拥有32张病床的病房，这是藏医历史上的第一所分科门诊医院和第一个住院病房。1965年藏医专家合作编写了《藏医药初探》一书，还对300多种草药和生药材注以国际通用名称。
此时一些老医师根据医典理论和亲身经验，在胃病、肾病、痛风病、感冒、脑溢血、肾型水肿、妇女病等方面撰写文章，在医术上和理论上进行总结。
1974年，在编纂《国家医药辞典》时，将西藏历史长、疗效佳的药丸“嘉齐敦巴（铁末之七）”、“阿卡久阿（沉香十五）”、“吹汤日布”等收入辞典。同年成立了以藏医院老藏医为主的8位成员组成的藏医研究小组，该小组在收集、整理“文革”期间失散和毁坏的古代藏医典籍的基础上，开始总结藏医对几种疾病疗效明显的临床经验，通过藏医疗法和西医检验相结合的诊治疾病的办法，取得了明显的疗效。
1975年，藏医院研究小组为当时的赤脚医生编写发行了《新编藏医配方》一书。1976年和1977年，中央卫生部先后两次派遣藏医工作小组和摄制小组，拍摄了两部《西藏的医学和药物学》科教片。工作组的两位成员和藏医学家强赤列先生通力合作把第司桑结嘉措时期的80幅彩色医学挂图及附录4000多幅照片，编辑为汉藏合璧的4本画册，成为集藏医科学性和艺术性为一体的、价值连城的珍品。为了统一藏药的配量，西藏及青海、甘肃、四川、云南、新疆六省、区于1977年分别在拉萨和西宁召开会议，对174种单科药和290种配方进行定量，为以后藏药的生产、使用提供科学依据。
1979年实施改革开放政策以后，藏医事业进入了全新的发展时期。1979年4月，由著名医师土丹次仁、强巴赤列分别担任主编及副主编，开始撰写《中国医学·藏医药分册》。同时组织专门人员抢救和出版珍贵医典，相继出版了《四部医典》及其注释《蓝琉璃》、《秘诀补注》等典籍。
遵照中央人民政府关于西藏要大力发展藏医及天文历算的精神，1980年9月1日，原拉萨藏医院正区更名为西藏藏医院。从此，西藏藏医院成为医疗、教学、科研、制药、历算的中心。此后藏医内科在高血压疾病疗法和针灸科在儿童经疾病治疗等临床研究工作取得很大的进展。
1981年以后，西藏各地、县相继成立了藏医院（科），目前，在自治区的7个地市中，有5个地区建立了地区级藏医院；在75个县中，5个县设有县藏医院，70个县的县医院中设有藏医科，如：山南地区藏医院、昌都地区藏医院、日喀则地区藏医院、那曲地区藏医院、昌都地区藏医院、以及贡觉县藏医科、申扎县藏医科、八宿县藏医科、江孜县藏医科等。西藏藏医院还先后5次举办进修班，培养了基层藏医医务人员200余名。
1981年9月，在拉萨召开了中华医学会藏学会成立大会暨第一届理论经验交流会。大会收到与会专家和医师提交的数十篇有关医史、理论、临床实践、各种药方、科研成就等方面的文章，为继承发展藏医药起到了巨大的推动作用。
1983年6月召开的全国人民代表大会六届一次会议期间，著名藏医学者强巴赤列被选为知识分子和藏医代表。同年7月在拉萨召开了第二届藏医及中医协会经验交流会议，提交了80多篇论文。
1983年8月在拉萨成立了西藏自治区藏医中等专业学校，多年来培养了许多优秀医务工作者。
1985年，人民政府决定，给予1959年前在药王山和历算院通过考试者藏医专科学历；对毕业于日喀则吉吉那噶医药学校以及默珠林、彭波那兰陀讲经院学过医算并毕业者也给予专科学历，并随之提高了这些老藏医工作者的待遇，体现了人民政府对老藏医工作者的关怀。
1985年8月，西藏藏医院住院部正式竣工。该住院部是自治区人民政府拨款1100多万元修建而成，共有病床150张。
1987年8月，西藏人民出版社出版发行了彩色汉藏对照《四部医典》唐卡挂图，为挽救这一祖国医学珍宝，做出了贡献。
1988年夏季，为藏医院中青年医生传授了《医学概论·仙人喜筵》一书，为继承和发扬这一医学史上的文献，开创了一条路子。
从1989年4月开始，用藏医手术和西医相结合进行了一些中小型手术，为藏医手术的进一步发展打下了良好的基础。
1991年9月举行了生药材鉴别活动。与住年不同的医院和人数大有增加，日喀则、山南、那曲等地区藏医院的院长应邀参观学习。
该鉴别会上那曲藏医院介绍了长期以来藏北采集的药用矿物100多种。使此次鉴别的药物（包括植物、动物、矿石等）多达600多种，在藏医史上十分罕见，为藏医药材的不断丰富，起到了积极作用。
同年12月，在全国优秀医学历史成就展暨评选优秀医学工具书时，藏医《四部医典》唐卡挂图荣获金牌、《<四部医典>植株·如意宝库》获银牌、《历辈雪域医学大师传记》获优秀奖。
1992年6月， 在瑞士红十字会的协助下，创立了山南琼松赞藏医学校。在此之前在该会的资助下，创建了日喀则边雄藏医学校。这二所学校生源全部来自西藏边远偏僻地区，完成6年的学业之后，返回原籍，从事医疗工作。
90年代以来，西藏藏医学者多次去国外进行医学交流，如1990年3月，著名藏医学家措如·次朗大师和强巴赤列先生赴日本进行学术访问。1992年12月，著名藏医学家强巴赤列一行三人赴美进行学术交流等。在交流中双方就人类医学方面的一些奇特现象和共同关注的医学问题，以及藏民族在高原生存的情况等诸多感兴趣的问题进行探讨，增加了双方的医疗技术和医学理论等方面的了解，促进了学术交流。
西藏神猴药业有限责任公司于1992年正式建成，其前身为西藏聂拉木藏药厂,属集体企业。是首批获得国家GMP质量认证的藏药成品药的生产厂商。
藏医不单为藏民族治病，也为中国各族人民治病，甚至为国外患者治病。1992年11月，西藏山南地区藏医院与中国藏学研究中心联合创办了北京藏医院。1994年底，他们又在天津河东区中医院开设了藏医门诊。藏医独特的秘方，精湛、良好的疗效，博得京津二地及国内外广大患者的好评。北京藏医院开诊近4年来，天津河东区中医院藏医门诊开诊近两年来，先后诊治来自全国和世界各地的患者30万人次。德国、意大利、以色利等30多个国家的医务工作者还到这里参观和学习。
1993年9月，《国家药物辞典》编委会、中央卫生部药物标准办公室及西藏、四川、云南、新疆等地的药物检验所的代表相聚在拉萨，召开了中国藏药标准工作会议，总结了藏药厘定标准工作，对具有悠久历史、疗效显著的藏药用现代科学手段进行了论证。
1994年8月，中央召开了第三次西藏工作会议。会后江苏省决定承担援藏项目中的藏医院制药厂的扩建工程，拨款5300万元（约合660万美元）作为建设费用。所有这些都充分体现了国家对藏医事业的重视和关怀。
总之，藏医是具有悠久历史、独具特色、疗效显著的一门科学，是藏族人民在复杂的自然环境中与各种疾病长期斗争所形成的民族医学，是中国医学宝库中的重要组成部门医学|教育网整理。今天它与诸多先进的医疗体系相借鉴和结合，已经并将更好地为藏族人民和世界人民的健康服务。 国家非常重视非物质文化遗产的保护。
2006年5月20日，藏医药经国务院批准列入第一批国家级非物质文化遗产名录。
2007年6月5日，经国家文化部确定，西藏自治区的强巴赤列为该文化遗产项目代表性传承人，并被列入第一批国家级非物质文化遗产项目226名代表性传承人名单。
2009年1月7日，西藏5亿元扶植藏药等优势产业发展。
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